വരവും ചെലവും തമ്മില് വലിയ വലിയ അന്തരം രൂപം കൊണ്ടതോടെ നിത്യനിദാനച്ചെലവിനായി ശ്രീപദ്മനാഭക്ഷേത്രം കടമെടുക്കുന്നു. ശതകോടികളുടെ ആസ്തിയുള്ള ക്ഷേത്രത്തിന്റെ സാമ്പത്തിക പ്രതിസന്ധി മറികടക്കാന് സര്ക്കാര് പലിശരഹിത വായ്പയായി രണ്ടുകോടിരൂപ അനുവദിച്ചു. ധനവകുപ്പിന്റെ പ്രത്യേക അനുമതിയോടെയാണ് തുക അനുവദിച്ചത്.
കൊവിഡ് പ്രതിസന്ധിയെത്തുടര്ന്ന് വരുമാനം കുറഞ്ഞതോടെയാണ് ക്ഷേത്രത്തിന്റെ പ്രവര്ത്തനങ്ങള് പ്രതിസന്ധിയിലായത്. നിത്യച്ചെലവുകള്, ജീവനക്കാരുടെ ശമ്പളം പെന്ഷന് എന്നിവയ്ക്കായി ദിവസം നാലുലക്ഷം രൂപയോളമാണ് ക്ഷേത്ര ചെലവിനായി വേണ്ടിവരുത്. എന്നാല് മണ്ഡല തീര്ത്ഥാടന കാലമായിട്ടുപോലും ഇപ്പോള് 2.5 ലക്ഷത്തോളം രൂപമാത്രമാണ് ദിവസ വരുമാനം.
പ്രതിദിനച്ചെലവുകള്, ജീവനക്കാരുടെ ശമ്പളം, പെന്ഷന് എന്നിവ നല്കാന് കഴിയാത്ത അവസ്ഥയാണുള്ളത്. ക്ഷേത്രത്തിന്റെ സാമ്പത്തിക പ്രതിസന്ധി മറികടക്കാന് 10 കോടി രൂപ വായ്പ അനുവദിക്കണമെന്നും ക്ഷേത്രം എക്സിക്യുട്ടീവ് ഓഫീസര് ആവശ്യപ്പെട്ടിരുന്നു. 2021 മേയില് നല്കിയ കത്തില് ഇപ്പോഴാണ് തീരുമാനമെടുത്തത്. വായ്പ തിരിച്ചടവിന് ഒരുവര്ഷത്തെ സാവകാശം അനുവദിച്ചിട്ടുണ്ട്.